Các máy bay của hãng EgyptAir đã gặp phải những tai nạn rớt máy bay và không tặc trong 30 năm vừa qua.
1985: Một nhóm người mang súng buộc một chuyến bay của EgyptAir từ Athens đến Cairo phải đáp xuống đảo Malta và giết 5 hành khách. 55 người khác thiệt mạng trong cuộc nổ súng qua lại khi biệt kích Ai Cập xông lên máy bay.
1999: Chuyến bay số 990 của EgyptAir đâm xuống biển ngoài khơi đông bộ Hoa Kỳ, tất cả 217 người trên máy bay tử nạn. Nhân viên điều tra Hoa Kỳ nói tai nạn do cố ý nhưng Ai Cập bác bỏ kết luận này.
2002: Chuyến bay 843 của EgyptAir rớt gần phi trường ở thủ đô Tunisia trong khi tìm cách hạ cánh lúc thời tiết xấu, gây thiệt mạng ít nhất 18 người
2009: Nhân viên an ninh trên chuyến bay EgyptAir từ Istanbul đến Cairo khống chế một người đàn ông Sudan tìm cách cướp máy bay.
2015: Không phải là EgyptAir, nhưng một chuyến bay của hãng hàng không Nga Metrojet rớt ở bán đảo Sinai của Ai Cập ngay sau khi cất cánh, làm 224 người thiệt mạng. Các chính phủ Nga và Tây phương nói có phần chắc nguyên do là khủng bố, và một nhánh địa phương của Nhà nước Hồi giáo nhận đã gài bom trên máy bay.
2016: Không tặc nói có mang theo chất nổ đã buộc một chuyến bay của EgyptAir đáp xuống đảo Síp.
Máy bay Ai Cập mất tích